物种多样性
玉溪地处云南植物区系分区中的关键地区。是云南高原植物地区、澜沧-红河中游植物地区、滇东南植物地区和滇缅老越边境植物地区四个植物地区相互联系的纽带。全区主体是亚热带地区，但亚洲热带成分沿红河河谷向北分布至元江和新平，温带成分沿哀牢山向南分布至新平大雪锅山，南北成分相互交汇。此外，哀牢山是云南省东、西两半部生物气候的主要分界限，哀牢山以西为西南季风区，温暖多湿；哀牢山以东兼受东南季风影响，冬季常有冷空气活动。因此，在植被区划上，哀牢山以西为亚热带南部季风常绿阔叶林区，哀牢山以东则为亚热带北部半湿润常绿阔叶林区。
玉溪市城建环保局曾委托中科院昆明植物研究所进行了全市珍稀濒危植物专题调查。根据初步统计，玉溪市有高等植物300余科，1000余属，3000余种。全区的国土总面积14945.4km2，仅占全省380000
km2的4.0%，而高等植物种类却占全省15000种的20.0%。其中，珍稀濒危植物众多，全市区拥有国家级保护植物41种，省级保护植物8种，地区级保护植物38种。
生态系统多样性
各主要自然生态系统类型是物种多样性的摇篮，是玉溪市地区生态环境规划中必不可少的要素。生态系统类型以植被为标志划分，则全区的主要自然生态系统类型有季雨林生态系统类型、常绿阔叶林生态系统类型、落叶阔叶林生态系统类型、针叶林生态系统类型、干热河谷稀树灌木草丛生态系统类型和次生灌丛生态系统类型等。
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