生态保护的关键地区是玉溪市在生态环境保护中需要重点保护的区域。根据保护对象和保护目标和保护程度的不同，将生态保护的关键地区分为三类：
（1） 森林保护区
玉溪市的森林保护区，指分布在玉溪市生态交错区和大流域分水岭地带、需要进行生态保护的重要区域和关键地区。这些地区地带性植被分布集中、生物多样性丰富，生态状况较好，是玉溪市生物多样性保护的关键地区和重要水源涵养地。目前，这一类功能区已有相当一部分是国家级、省级和县级的自然保护区。森林保护区共包括10个生态小区，即：
Ⅰ1-21 高鲁山（南盘江分水岭）森林保护区
Ⅰ1-22 雨黑箐元江、南盘江分水岭森林保护区
Ⅰ1-23 小石桥东风水库、北山林场水源地保护区
Ⅰ2-01 小黑山、象山华山松森林保护区
Ⅰ2-14 高鲁山（元江分水岭）森林保护区
Ⅱ1-01 光尖山中山山原森林保护区
Ⅱ1-04 元江、南盘江分水岭森林保护区
Ⅱ1-06 磨盘山森林保护区
Ⅱ3-03 哀牢山森林保护区
Ⅱ3-05 望乡台、阿波列山森林保护区。
森林保护区面积212439.93hm2，占玉溪市总面积的 14.21%。各小区的森林类型及面积分布见表4-4。
森林保护保护区以保护森林为主，特别是重要的地带性植被类型。在各种需要保护的森林类型中，湿润常绿阔叶林面积为46694.08hm2，占玉溪市半湿润常绿阔叶林面积的36.45%，中山湿性常绿阔叶林面积
20721.42hm2，占玉溪市中山湿性常绿阔叶林面积的96.01%，山地苔藓矮林面积2517.45hm2，占玉溪市山地苔藓矮林全部。
（2） 水源涵养区
水源涵养的区指除森林保护区外的各水系的分水岭地带。主要生态功能是保护森林、涵养水源。水源涵养区分布于海拔1700-2200m之间、地势较为平坦地域区。这些区域虽然不是玉溪市生物多样性保护的关键地区，但由于地处各个河流的分水岭地带，其生态状况直接关系到玉溪市水源保护效益。
玉溪市的水源涵养区包括8个生态小区，即：
Ⅰ1-09 大黄草岭南盘江、龙洞河分水岭水源涵养区
Ⅰ1-12 里山杞麓湖、南盘江分水分水岭水源涵养区
Ⅰ1-15 龙凤山杞麓湖、大河分水岭源涵养区
Ⅰ1-18 大密罗山玉溪（峨山）大河上游水源涵养区
Ⅰ2-04 扒河流域水源涵养区
Ⅰ2-06 营盘山绿汁江上游水源涵养区
Ⅰ2-12 米尺呢克山、老虎头口山绿汁江、元江分水岭水源涵养区
Ⅱ1-07 元江中段上游水源涵养区
水源涵养区面积192866.13hm2，占玉溪市土地面积的12.90%，森林覆盖率达到53.77%， 是玉溪市森林保护较好的区域。
（3） 湖泊水库流域区
玉溪市的湖泊水库流域区，即“三湖一海一库流域区”，是云南省高原湖泊分布的核心地带，同时也是玉溪市的社会经济最发达的区域。本区水热条件配合较好、地势平坦，是玉溪市中小城镇发展和粮食、烤烟、蔬菜及农副产品加工业发展的主要区域。近年来，随着玉溪市社会经济的发展，湖泊水库流域区生态环境逐步恶化，特别是星云湖和杞麓湖水体的富营养化，对区域的生态安全带来了严重的威胁。因此，本区生态建设的主要任务是控制湖泊水库的富营养化，协调区域社会经济发展与高原湖泊保护的关系。本区包括六个流域区，即：
Ⅰ1-01 阳宗海流域区
Ⅰ1-02 抚仙湖流域区
Ⅰ1-03 星云湖流域区
Ⅰ1-04 东风水库流域区
Ⅰ1-05 杞麓湖流域区
Ⅰ1-24 滇池流域玉溪部分
湖泊水库流域区面积 191639.60hm2，占玉溪市土地面积的 12.82%。整个湖泊水库流域区的森林覆盖率都较低，有林地覆盖率的面积仅达到18.37%，而各种农业用地则达到了近60%，居民用地达到了2.61%，是玉溪市土地利用较为充分但同时也是生态环境破坏较为严重的地区。
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